Dopo aver vinto di tutto e di più con Milan, Real e Chelsea decide di accettare la corte della Roma. L'11 settembre viene acquistato dal Monaco in prestito oneroso di 3 miliardi di lire con obbligo di riscatto a 18 milioni di euro. Diventerà uno dei pilastri della Roma di Capello prima e di Spalletti poi. Panucci resterà 9 stagioni a Trigoria conquistando 2 coppe Italia e 1 Supercoppa e diventando uno dei difensori più prolifici con 31 gol.